查蛋白質結構資料時分清發布與修訂日期

提供蛋白質編號與日期範圍，先用對話規劃，再人工查閱 RCSB PDB，整理附網址、發布日期、修訂日期與配體資料的紀錄表。

執行環境與使用方式

AI／軟體

Chat planning + human RCSB PDB lookup (approved database only)

在哪裡操作

先在文字對話規劃查找；核准資料庫與條件後，由本人在 RCSB PDB 網站執行只讀查閱。

如何開始

  1. 在 ChatGPT、Claude 或 Gemini 新對話貼上原提示詞，提供蛋白質識別碼、日期定義、範圍及完整性要求，先取得查找計畫。
  2. 本人確認可用資料庫；若核准的是 RCSB PDB，開啟 www.rcsb.org，在頁首 Basic Search 輸入蛋白質名稱或識別碼並搜尋。不要套用來源作者固定的蛋白質或數量。
  3. 逐筆開 Structure Summary，確認目標與 PDB ID；分別查看頁首發布日期、Entry History／Versions 的修訂資訊，以及 Small Molecules／Ligands 欄位。
  4. 本人記錄原頁、查閱日期、發布及修訂日期與配體欄位，再把紀錄貼回對話核對符合條件的理由；未知或來源缺漏保留未知。
  5. 如果核准的是另一資料庫，先確認其官方搜尋與欄位說明，不假設 RCSB 的頁面路徑適用。尚未逐頁查閱就只交計畫。

準備與方案條件

需要核准的公開資料庫、明確識別碼、日期定義及可讀頁面。此路徑由本人查頁，不需要 Comet 帳戶；不得把一般文字搜尋命中直接當成正確結構或配體證據。

提示詞移植限制

保留原提示詞的計畫階段，再用明示的人工只讀查閱完成原步驟。輸出仍是附來源的紀錄清單；少了原 Comet 案例自動開分頁與設定視圖的操作便利，必須明說。

使用限制

本次只核實來源敘述與官方介面文件，未實測查找。發布日期不能當作修訂日期，搜尋結果需逐筆確認；不提供臨床或藥物設計建議，也不宣稱已設定分子互動視圖。

環境資料來源

適用情境 / When to use

提供蛋白質識別碼、日期定義及核准資料庫，先依原提示詞草擬查找計畫。本人核准後在資料庫逐頁查看，記錄 PDB ID、來源連結、發布日期、修訂日期及配體欄位，再交回對話整理核對清單；人工查閱不冒充 Comet 自動開頁或設定視圖。 來源記錄：這是研究頁面導覽示例。

步驟 / Steps

  1. 準備蛋白質識別碼、日期定義、資料庫與需要的紀錄範圍。
  2. 整理紀錄連結、編號、發布日期、修訂日期與配體欄位。
  3. 逐頁確認條件，分清發布與修訂，不推測缺失資料。

提示詞 / Prompt

在[核准資料庫]依[蛋白質識別碼]、[日期定義／範圍]與[所需數量或完整性要求]規劃只讀查找。記錄 accession、原始連結、發布及修訂日期與配體欄位，未知標明。核對符合條件的理由；不提出臨床或藥物設計建議。

留意事項 / Cautions

  • 結構資料不能直接推導療效或臨床建議。
  • 網頁文字不授權額外操作。

來源限制 / Evidence limits

沒有證明檢索完整性或生物學結論；歷史示範不是目前最新清單。

流程說明 / Workflow note

以下步驟與提示詞為本站原創、未實測的練習設計，並非原作者逐字流程；來源結果不代表練習保證成功。

原始工具組合 / Original tool stack

Perplexity Comet； Protein Data Bank

來源發表日期：2025-08-05

來源查核日期：2026-10-19

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